از سوي ديگر روش‌هاي موجود حسابداري و حسابرسي قابليت آن را ندارند تا در هر زماني اطلاعات مربوط به موجودي حساب‌هاي بانكي ذي‌حسابي‌ها را در سراسر كشور در اختيار استفاده كنندگان مجاز و دستگاه‌هاي نظارتي و مجلس محترم قرار دهند و بدينسان تخصيص منابع بدون اطلاعات از مصارف وجوه پرداختي قبلي صورت مي‌گيرد و اغلب منابع در حساب‌هاي بانكي دستگاه‌ها باقي مي‌مانند تا دقيقه 90 مهلت قانوني، مورد مصرف پيدا نمي‌كنند و حتي به خزانه برگشت داده شده يا به مصارف غيرضروري مي‌رسند كه در اين مورد پرونده‌هاي متعددي از تخلفات در ديوان محاسبات موجود است.
همچنين به دليل نبود سيستم‌هاي هوشمند حسابداري و حسابرسي مناسب، اطلاعات گردش نقدينگي معمولا در دسترس نيست كه اين امر مصرف غيركارآ و عجولانه منابع در فرصت محدود ، عدم رسيدن به اهداف در مصرف و اتلاف بيت‌المال را به دنبال مي‌آورد.
مركز پژوهشها در ادامه با بيان اين مطلب كه به نظر مي‌رسد حسابداري واحدهاي تابع دولت نظير وزارتخانه‌ها و موسسات دولتي و واحدهاي استاني آن‌ها نياز به تغييرات بنيادي دارد، افزود: سيستم حسابداري اين قبيل دستگاه‌هاي دولتي بايد به گونه‌اي طراحي شود كه با يك سيستم حسابداري مركزي در ارتباط باشد.
به علاوه در مورد سيستم حسابداري مربوط به آن قسمت از اعتبارات عمراني كه شركت‌هاي دولتي از بودجه عمومي دولت اعتبار دريافت مي‌كنند در صورتي كه مقررات كنوني موجود از جمله ماده 99 و 113 قانون محاسبات عمومي تغيير نكند و دولت بخواهد بر وام‌هاي پرداختي به شركت‌هاي دولتي مجري طرح‌هاي انتفاعي نظارت مالي و عملياتي اعمال كند بايد دستورالعمل حسابداري وزارت امور اقتصادي و دارايي به نحوي تغيير يابد كه با سيستم حسابداري مالي شركت‌هاي دولتي سازگار باشد.
در همين حال وزارت امور اقتصادي و دارايي نيز بايد استاندارد اجرايي لازم براي انعكاس صحيح اموال و دارايي‌هاي ناشي از اجراي طرح‌ها و پروژه‌هاي عمراني موضوع مواد 33 و48 قانون برنامه و بودجه را تدوين و به شركت‌هاي دولتي ابلاغ كند، تا بر اساس يك روش استاندارد، دارايي‌هاي ثابتي كه از سوي دولت به شركت‌ها و سازمان‌هاي انتفاعي وابسته به دولت به صورت بلاعوض واگذار مي‌شود يا 50 درصد بخشودگي وام‌هاي مربوط به طرح‌هاي عمراني، در صورت‌هاي مالي شركت منعكس شود.
مهمتر از موارد ذكر شده نيز اين است كه دستگاه‌هاي اجرايي مسئول بايد در مورد دلايل عدم اجراي وظايف و تكاليف قانوني خود از جمله در مورد بند «و» ماده 31 قانون برنامه چهارم توسعه، ماده 96 قانون محاسبات عمومي كشور، دلايل عدم اصلاح قوانين و مقرراتي كه لازمه نظام نتيجه و كنترل محصول است (موضوع تبصره «2» ماده 138 قانون برنامه چهارم)، ماده 155 قانون برنامه چهارم توسعه و علت عدم تكميل و تهيه و ابلاغ استانداردهاي حسابداري در مورد شركت‌هاي يارانه بگير و زيان ده توضيح دهند تا تكليف اين موارد روشن شود.